В 1959 г. постановлением Совета министров РСФСР был образован Ярославо-Ростовский государственный историко-архитектурный и художественный музей-заповедник (после ряда преобразований и отделения Ростовского музея в 1969 году ярославский музей получил название Ярославский государственный историко-архитектурный и художественный музей-заповедник). В конце 1950-х годов музеи-заповедники возникли в нескольких древних городах: в Новгороде, Пскове, Владимире, Костроме, Вологде после проведения масштабных работ по реставрации памятников православной архитектуры и монументальной живописи. В состав образованного музея-заповедника в Ярославле вошли ансамбль бывшего Спасо-Преображенского монастыря – архиерейского дома (основан в XIII в.), а также выдающиеся памятники ярославской архитектуры и живописи XVII в. – церкви Ильи Пророка, Иоанна Златоуста, Иоанна Предтечи, Николы Надеина, Рождества Христова, Богоявления. В 1990-е гг. церковь Иоанна Златоуста была передана в ведение Ярославо-Костромской епархии Русской православной старообрядческой церкви. Церкви Ильи Пророка и Богоявления, а также Спасо-Преображенский собор в настоящее время находятся в совместном ведении музея-заповедника и Ярославо-Ростовской епархии Русской православной церкви. Начиная с 1988 г. и по настоящее время, из музейного собрания русской православной церкви было передано около 700 памятников православия, включая антиминсы, иконы, облачения, книги, а также частицу Ризы Иисуса Христа, мощи святых ярославских чудотворцев Федора, Давида и Константина, Василия и Константина, св. Иннокентия, архиепископа Иркутского.
