Фонд археологии — одно из древнейших собраний Ярославского музея-заповедника. Первые поступления появились в 1887 г. во время раскопок курганного могильника у д. Большое Тимерево. Данные работы были приурочены к VII Всероссийскому Археологическому съезду, проходившему в это время в Ярославле. В настоящее время в фонде археологии находится более 85 тыс. предметов.
Практически каждый год на территории Ярославля и области проводятся раскопки, благодаря чему фонд пополняется новыми материалами.
Из последних поступлений особый интерес представляют материалы с раскопок в центре Ярославля.
В частности на месте Успенского собора ( первой каменной церкви построенной на территории города в 1215 г.) Раскопки велись с 2004 по 2006 гг., за время которых была исследована территория более 2000 кв. м. Эти работы дали возможность обнаружить городские постройки XII — XVII вв., проследить смену планировки и застройки исторического центра города на протяжении 500-летнего периода. Также была собрана большая коллекция индивидуальных находок (около 4 тысяч). Среди них подвески-амулеты, печать, монеты разных периодов, в том числе и ярославской чеканки, пуговицы, украшения.
Сведения полученные в фонде раскопок позволяют существенно расширить представления о ранней истории Ярославля, жизни его горожан, их увлечениях.